农药残留是指农药使用后残存于生物体、食品（农副产品）和环境中的微量农药原体、有毒代谢物、降解物和杂质的总称。残存的数量称残留量（mg/Kg食品或食品农作物）。
农药污染的途径主要有：
直接污染：直接施用农药造成食品及食品原料的污染。
（1）给农作物直接施用农药制剂；
（2）给动物使用杀虫农药；
（3）粮食、水果、蔬菜等食品贮存期间为防止病虫害、抑制成长而施用农药。
间接污染：农作物施用农药时，农药可残留在土壤中，可残留数十年。农药的微粒还可随空气飘移至很远地方，污染食品和水源。这些环境中残存的农药又会被作物吸收、富集，而造成食品间接污染。在间接污染中，一般通过大气和饮水进入人体的农药仅占4％左右，通过食物进入人体的农药可达到90％左右。
食物链和生物富集作用造成污染：禽畜摄入被农药污染的饲料，造成动物的脂肪、肝、肾等组织，肉、乳品中残留；动物体内的农药有些可随乳汁进入人体，有些则可转移至蛋中，产生富集作用；鱼虾等水生动物摄入水中污染的农药。
意外事故造成的食品污染：运输及贮存中由于和农药混放，逸出的农药也会对环境造成严重污染，从而间接污染食品。