（1）外部条件与内部条件相结合
一个系统不仅受到内部因素的影响，而且还受到外部条件的约束，所以进行系统分析时必须把系统要素与内、外部条件和环境有机地结合起来.
（2）当前利益与长远利益相结合
因为系统大部分是动态的，它随着时间以及外界条件而变化.所以，选择一个最优方案时，不仅要从当前的利益出发，而且还要考虑到将来的利益.如果采用的方案对目前和将来都有利，那当然是最理想的方案.往往有的系统方案从当前看不利而从长远看是有利的，从系统分析的观点看这种方案是合理的.而对那种一时有利，长远不利的方案，即使是过渡的，也最好不选用.
（3）局部效益与整体效益相结合
一个系统往往由许多子系统组成，子系统又由更低层的子系统组成.大多数情况下，有些子系统是经济的，但从总体大系统看是不经济的，这显然是不可取的.有的从个别子系统看是不好的，但从全局看则是有利的，那这种方案还是可取的.在系统分析中，对系统的要求是整体效益最优化，而不是局部或子系统的优化，局部利益要服从总体利益.
（4）定量分析与定性分析相结合
用系统科学的理论与方法分析问题时，对于一些如政治、政策、法律等因素无法用数量指标进行分析时，只能用“好与坏”、“可以不可以”做主观判断的叫定性分析.系统分析不但要进行定量分析，而且要进行定性分析，因为在有些问题中某些定性的因素还能起决定性的作用.只有了解清楚了系统的一些性质，才能进一步建立定量关系的数学模型，做出定量分析，最后把定性分析与定量分析结合起来进行综合分析，才能找出最优方案.