（1）海水养殖富营养化的植物修复
大型海藻如紫菜属、海带属等和红树是海洋环境中非常有效的生物过滤器，海藻与鱼虾贝类共养。
（2）石油等有机物污染的植物修复
多环芳烃、多氯联苯等持久性有机污染物的危害很广泛红树及其根部微生物所构成的红树微生态系对石油、农药等有机物污染有着良好的修复潜力大型海藻和细菌共同作用可有效降解石油污染物。
（3）赤潮的植物修复
栽培大型海藻可有效防治赤潮，如江篱可以加速中肋骨条藻赤潮的消亡一些海藻及其提取物对赤潮微藻具有除藻作用，如小珊瑚藻、孔石莼、石牙藻、小海带、褐藻昆布及其提取物对多环旋沟藻等多种赤潮微藻的生长具有抑制作用，可以使赤潮微藻运动性降低、细胞变形并破裂。
（4）近海重金属污染的植物修复
红树植物对铅、汞、镉、铜、锌等重金属有相当程度的吸附及固定作用，可有效地净化沉积物中的重金属，而所富集的重金属70％－90％储存在不易被动物消耗的根和树干部分一些海藻对铜、锶、镉、铅、镍、锰等重金属也有一定的吸收积累作用，如三角褐指藻对铅、镍具有较高的耐受力，海篙子对砷和锶具有超富集能力，对锰、镍、铜和铅也有较强的富集能力，海带对砷的富集作用也很强。
（5）污水的植物修复
海洋植物不但可以用于富氮污水的净化，还可用于农业、养殖业和工业污水的处理 海藻、红树植物在防治沿海水质的恶化方面得到应用。 红树林系统能有效包陷污水藻类，对污水具备较强抗性，对人工污水中氮的净化效果较好。大型海藻和牡蛎组成的生物过滤体系，大大改善了日本对虾养殖场排放污水的水质，使细菌浓度、叶绿素a和总悬浮颗粒都明显减少。