原因：不合理的人为开发利用活动；对海洋生态环境变化规律缺乏了解和认识；生态环境管理和保护缺乏针对性和有效性。如海洋工程建设、过度捕捞、海洋污染、海水养殖等
方法：
（1）海洋生境的修复：
①再造海洋植被或生境；
②海岸带修复，预防海岸侵蚀；
③围隔而自然恢复植被或生境；
④引进或再次引进关键的动物和植物种类；
⑤重建构建海洋水文功能，河口湿地生态恢复，如恢复滨海湿地淡水供给；
⑥严重污染区底质污染整治
（2）渔业生物资源增殖修复：水产生物苗种与亲体放流；增殖场的建造与改良
（3）遏制海洋污染：开展“碧海行动”，改善海洋环境质量；严格控制陆源、海上污染源、海上流动污染源污染，遏制海洋环境恶化
（4）加强渔业科学管理：进行养殖系统环境质量生态与优化，开展海水养殖清洁生产；退化天然渔场环境整治与生态修复；强制规定网目大小和捕鱼季节，严格执行禁渔休渔制度，控制破坏性渔业活动。
（5）受污生态环境的生物修复：利用生物的特性和机能修复环境；海水养殖富营养化的治理过程中，江篱、紫菜、石莼等大型海藻是常有效的生物过滤器
（6）加强海洋与渔业保护区建设：加强海洋与渔业保护区建设是保护海洋生物多样性、渔业生物资源和防止海洋生态环境全面恶化的最有效途径之一。