系统的输出反过来使输入得到削弱和减低，从而引起输入逐渐减小，使生态系统中最初所发生的变化不断得到削弱（如种群的密度调节等）。
负反馈可使生态系统达到和保持稳定。相互作用种群间数量的消长是正反馈和负反馈相互作用最明显的例子。但负反馈的调节有一定限度，超过这个限度，就会引起生态失衡。如强烈的外部干扰以及人类活动（污染、捕捞）都可引起生态失衡，甚至生态系统的崩溃。
生态平衡是动态平衡（因能量流动和物质循环总在不断进行），并通过生态系统的负反馈调节得到保持。