1.外海性和近岸、内湾性赤潮：外海性赤潮是指在外海或洋区上出现的赤潮。它们大多数出现在营养物质比较丰富的上升流区或水团交汇处，与束毛藻。近岸、内湾、河口性赤潮，分别指发生在近岸区、内湾区或河口区等水城的赤潮。
2.外来型和原发型赤潮：外来型是指在其他水域形成后，由于外力作用而被带到该海区。这类赤潮往往来去匆匆，持续时间短暂。原发型赤潮则是在某一海域具备了发生赤潮的各种理、化条件时，某种赤潮生物就地暴发性增殖所形成的赤潮，地域性明显、持续较长时日，甚至可以反复出现。
3.单相型、双相型和复合型赤潮单相型赤潮亦称单种型赤潮，系指在发生赤潮时，只有一个赤潮生物种占80%以上。当有两种赤潮生物共存并同时占优势而形成的赤潮称为双相型赤潮。如果赤潮中有3种或3种以上的赤潮生物，即为复合型赤潮。
（1）物理因素：除赤潮生物的物理性聚集与流有关外，流对赤潮藻的分散和对营养物质的运移作用也是很重要的，流速大，分散速度快于赤潮藻的增殖速度时一般是不会发生赤潮，潮差小、水体交换量少较易发生赤潮，持续时间长。在江河径流和上升流作用区的开阔海域因营养物质充足形成赤潮。温度、盐度也影响藻细胞酶的活性，温盐条件适应与否也决定了赤潮的发生。
（2）化学因子：工厂未经处理的高含N，P有机物工业废水和生活污水排入造成湾内富营养化，P起决定因素，微量元素Fe、Mn和维生素B₁、B₁₂可促进赤潮藻增殖，PH与赤潮藻也有相关性。
（3）生物因子：在藻类间存在着竞争关系和捕食关系，这影响着赤潮的形成，还存在着浮游植物的演替关系，在演替中，水的扰动可阻止一些赤潮的的发生。