海洋生态系统存在着反馈现象。当生态系统中某一成分发生变化的时候，它必然会引起其他成分出现一系列的相应变化，这些变化最终又反过来影响最初发生变化的那种成分，这一过程即为反馈。反馈有两种类型，即负反馈和正反馈。
1.负反馈是比较常见的一种反馈，它的作用是抑制和减弱最初发生变化的那种成分所发生的变化，反馈的结果是使生态系统达到和保持平衡或稳态。例如，在系统内，如果植食性贝类因为养殖无限增加，植物就会因为受到过度摄食而减少，植物数量减少以后，反过来就会抑制贝类生长，影响单位产量下降或病害死亡。
2.另一种正反馈是比较少见的，它的作用恰好与负反馈相反，即生态系统中某一成分的变化所引起的其他一系列变化，反过来不是抑制而是加速最初发生变化的成分所发生的变化，因此，正反馈的作用常常使生态系统远离平衡状态或稳态。例如，一个养虾池受到了污染，对虾的数量就会因为死亡而减少，虾体死亡腐烂后又会进一步加重污染并引起更多对虾死亡， 因此， 污染会越来越重，对虾死亡速度也会越来越快。可见，正反馈往往具有极大的破坏作用，但是它常常是爆发性的，所经历的时间也很短。从长远看，生态系统中的负反馈和自我调节将起主要作用。
由于生态系统具有自我调节机制，所以在通常情况下，生态系统会保持自身的生态平衡。当生态系统达到动态平衡的最稳定状态时，它能够自我调节和维持自己的正常功能，并能在很大程度上克服和消除外来的干扰，保持自己的稳定性。但是反馈调节有一定的限度，一旦超出这个限度，生态系统就会遭到破坏。