中和物质会影响实验动物设施内消毒灭菌，如阴离子清洁剂能降低氨化合物的活性，四醛化合物消毒之前最好用阳离子清洁剂，氨能中和福尔马林等。其他如硬水、肥皂、多种去污剂等也会使消毒剂失效。

酸度（pH）会影响实验动物设施内消毒灭菌效果，环境酸度的微小变化对消毒药的活性影响很大，如氯胺T的最佳活性是pH6～7，二氯异氰尿钠在pH6～10，季胺化合物在pH9～10的碱性环境下最有效。因此，要根据环境酸碱度选用恰当的消毒剂。

污染物会影响实验动物设施内消毒灭菌，粪便、脏垢、油污常使消毒药液不能直接作用于微生物，从而降低消毒的效果，彻底消毒前必须先洗净脏垢、油污，特别要注意清洗死角。

物料的灭菌如垫料、笼架、鼠盒和其他供应品等均采用高压灭菌，屏障动物室多采用通道式双门高压灭菌器，不能采用高压灭菌的物料可采用药液浸泡法消毒，屏障动物室通常通过药液渡槽将不能高压灭菌的物料传入屏障内。

障环境设施内动物饮水应灭菌处理。

屏障环境设施内动物饮水的灭菌小规模通常在普通自来水中加入次氯酸钠；另一种水的处理方法是在水中加入盐酸；第三种方法是用多孔的5μm、1μm陶器过滤器做两次过滤；第四种方法是用紫外线照射，为了达到良好的灭菌效果，许多动物室常将两种方法结合起来使用。

实验动物设施的天花板要用耐水、耐腐蚀材料制成。室顶平整光滑。通常紫外线消毒灯、照明灯、超高效空气过滤器及进风口会安于天花板上。灯具及进气口周围必须密封。进气口可以自由拆卸清洗、消毒。要加防水层防止漏水。

实验动物设施的墙壁：内壁粉刷用难以开裂、耐水、耐腐蚀、耐磨、耐冲击材料制成。墙面无断裂，光滑平整，各接角处接合严密，最好做成圆弧形。

实验动物设施的地面要用耐水、耐磨、耐腐蚀性材料制成。一般常用环氧树脂，硬面混凝土、水磨石、氯丁二烯橡胶、硬橡胶等常用保护性涂层。地面要粗糙防滑。地面接墙处圆弧面。

实验动物设施的窗：屏障环境多不设外窗或尽可能少设窗。一般动物除需要自然采光与通风的场所外，不宜设置外窗。设有外窗的动物室，如猴类动物房，应在墙上加设栏栅和铁丝网以防止动物逃跑。寒冷地区窗上有防结霜措施。在非清洁区设置的外窗，尽量做到气密性完好。