空气过滤器中中效空气过滤器设置在设施系统的正压处。一般采用中，细孔泡沫塑料或其它纤维，滤料的过滤器，用于过滤新风及回风，延长高效空气过滤器使用年限，过滤对象是1-10μm的尘粒。

空气过滤器中粗效空气过滤器宜设置在新风口。一般采用易于清洗和更换的粗、中孔泡沫塑料或其它滤料用于新风过滤，过滤对象是大于10μm的尘粒，严禁使用油浸过滤器。

层流方式是指流线平行、流向单一、具有一定的和均匀的断面速度的气流组织方式，送入房间的气流充满整个洁净室断面，它像“活塞作用”那样把室内随时产主的灰尘压至下风侧，再把灰尘排至室外。由于这种方式是以要求室内断面上有一定风速为前提的，所以洁净室的净化空调系统开动后能立即（1min以内）达到稳定状态。

空气层流，又称为空气非单向流。层流方式的洁净设施构造简单，施工方便，投资和运行费用较小，因而实验动物设施等大多数洁净室都采用此方式。

乱流方式主要是利用稀释作用，使室内尘源产生的灰尘均匀扩散而被“冲淡”。它的原则是满足工艺和人的卫生要求，避免涡流把工作区外的灰尘卷入工作区，以减少产品的污染机会。

空气乱流，又称为空气单向流。乱流方式的洁净设施构造简单，施工方便，投资和运行费用较小，因而实验动物设施等大多数洁净室都采用此方式。

合理的空气调节方案要与实验动物设施的工艺流程相符合。以设施外最不利的环境参数为依据，结合实际情况，在满足环境控制要求的前提下，避免片面追求高精度、大面积、全自动的不合理选择。

正确选择空气调节系统，要依据实验动物生产规模或开展动物实验的多少、建筑性质、空气调节负荷变化情况和温度、湿度、风速、压力、洁净级别等控制参数的精度以及技术管理水平、经济效益等来确定。

混合式空调系统所处理的空气部分取自室外，部分取自室内再循环空气，循环空气的多少，由洁净工作区需要和可能来确定。

局部式空调系统：它不需要集中空调机房，而是将局部空调机组分散设置在需要进行空气调节的实验动物屏障设施内或紧靠近的房间、天花板、地下技术夹层内。局部空调机组由冷冻机、通风机、空气加热器、表冷器和过滤器等组成。