SPF级大鼠需控制的病原菌指标为沙门菌、单核细胞增生性李斯特杆菌、假结核耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌、皮肤病原真菌、念珠状链杆菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体、支气管鲍特杆菌、嗜肺巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、乙型溶血性链球菌和绿脓杆菌。

清洁级小鼠需要控制的病毒指标是淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、汉坦病毒、鼠痘病毒、小鼠肝炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、小鼠细小病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、小鼠腺病毒及多瘤病毒。

PF级小鼠需要控制的病毒指标是淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、汉坦病毒、鼠痘病毒、小鼠肝炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、小鼠细小病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、小鼠腺病毒及多瘤病毒。

SPF级小鼠需控制的病原菌指标为沙门菌、单核细胞增生性李斯特杆菌、假结核耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌、皮肤病原真菌、念珠状链杆菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体、大肠埃希菌O115、嗜肺巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、乙型溶血性链球菌和绿脓杆菌。

清洁级大鼠需要控制的病毒指标是汉坦病毒、仙台病毒。

清洁级大鼠需控制的病原菌指标为沙门菌、单核细胞增生性李斯特杆菌、假结核耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌、皮肤病原真菌、念珠状链杆菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体。

清洁级小鼠需要控制的病毒指标是淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、汉坦病毒、鼠痘病毒、小鼠肝炎病毒、仙台病毒。

清洁级小鼠需控制的病原菌指标为有沙门菌、单核细胞增生性李斯特杆菌、假结核耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌、皮肤病原真菌、念珠状链杆菌、支原体、鼠棒状杆菌、泰泽病原体和大肠埃希菌O115。

实验动物易受到自然界微生物、寄生虫的侵袭，一般多带细菌、病毒和寄生虫，显性或隐性感染某些疾病，所以需要进行实验动物微生物学、寄生虫学质量控制。

近交系动物经生化标记基因检测法检测发现有一个位点的标记基因与标准遗传概貌不一致，则为可疑，增加检样位点数目和增加检测方法后重检，确实只有一个标记基因改变可命名为同源导入系。