每个近交系都有各自的遗传概貌（包括毛色基因、生化基因等），选用适当的遗传监测方法，即可分辨各个近交系。

近交系动物在遗传上具有高度稳定性，虽然残留杂合会导致个体遗传变异，但这种概率非常小。

由于基因型一致，近交系内个体的表型也是相同的，特别是那些可遗传的生物学特征。如毛色、蛋白质、生化同工酶以及行态学特征等。

近交品系内所有动物个体都可追溯到一对共同祖先，也就是说同一个品系内每只动物的个体在遗传上都是同源的，基因型完全一致。

近交品系动物中虽然任何一个基因位点上纯合子的概率高达98.6%，也可能繁殖出不完全一致的杂合子，品系内个体相互交配也会出现性状分离。

近交品系动物中任何一个基因位点上纯合子的概率高达98.6%，因而能繁殖出完全一致的纯合子，品系内个体相互交配不会出现形状分离。

如果转基因动物的遗传背景是由不同的近交系或远交群之间混合而成时，则该转基因符号应不使用动物品系或种群的名称。

C57BL/6J-TgN（CD8Ge）23Jwg，表示来源于美国杰克逊研究所（J）的C57BL/6品系小鼠被转入了的CD8基因组（Ge）；转基因工作在Jon W.Gordon（Jwg）实验室完成，这个小鼠是该实验室通过于一系列显微注射后得到的序号为23的小鼠。

转基因的命名遵循这样的原则：一个转基因符号由以下三部分组成，均以罗马字体表示：TgX（YYYYYY）＃＃＃＃＃Zzz。其中各部分符号表示含意为：TgX=方式；（YYYYYY）=插入片段标示；＃＃＃＃＃=实验室指定序号；Zzz=实验室注册代号。

同源导入系名称一般由三部分组成：接受导入基因的近交系名称；提供导入基因的近交系的缩写名称，并与a项之间用英文句号分开；导入基因的符号（用英文斜体），与b项之间以连字符分开。例如：B10.129-H-12b，表示该同源导入近交系的遗传背景为C57BL/10sn（=B10），导入B10的基因为H-12b，基因提供者为129/J近交系。