1）测量范围的局限
由于差分技术的前提是作差分的两站的卫星信号传播路径相同或类似，这样，两站的共同误差大部分可以消除，要达到1-2厘米级实时（单历元求解）定位的要求，用户站和参考站的距离需小于10KM，当距离大于50KM以上，误差的相关性大大减少，以致差分之后残差很大，求解精度降低，一般只能达到分米级基线精度。
2）通信数据链作用距离的局限
传统RTK系统的数据传输多采用UHF和VHF电台播发RTCM差分信号，由于电台信号的衍射性能差，而且都是站间准直线传播，这要求站间的天线必须“准直线通视”，所在复杂环境下RTK作业很不方便，经常出现能收到卫星信号，但收不到电台信号的现象。
3）模糊度求解的局限
当流动站与参考站距离较近（如参考站10KM范围内），上述系统误差强相关假设成立，常规RTK利用几个甚至一个历元观测资料就可以获得厘米级定位精度。但是，随着流动站与参考站间距离增大（如50KM范围内），系统误差相关性减弱，双差观测值中的系统误差残差迅速增大，导致难以正确确定整周模糊度，定位精度讯速下降，约为分米级。在这种情况下，使用常规RTK技术将无法得到更高精度的定位结果。
4）基准站移动频繁
测量过程中，需要不断设置和更换基准站。在建立基准站时，由于操作和外界环境的原因含有潜在的粗差。对于精度要求较高的测量，这种粗差对最终结果的精度影响也不可忽视。经常需要搬动基准站，将导至生产效率和设备安全性不高，同时，为基准站持续供电一直是一个外业测量难以很好解决的问题。