二次污染形成机理如下：
设备清洗不够：使一些好氧的生命力强的酸性菌（如醋酸菌）在设备表面生长、繁殖，形成粘稠液，在粘稠液的保护下对干燥具有较高的抵抗力。
胶体表层：随着醋酸菌不断生长繁殖产生的粘稠液越来越多，逐渐结块形成胶体表层，这样的胶体包囊内部会产生微好氧或厌氧环境；同时乳酸菌、野生酵母等易受胶体表层保护，代谢产生乳酸。
菌囊的形成：包埋的环境非常适合厌氧菌的生长，导致环境中氧的进一步下降和乳酸的上升，甚至产生严格的厌氧环境，成为适合厌氧菌生存繁殖的空间—菌囊。
有害菌的繁殖：在菌囊中理想的生长条件下，有害菌大量繁殖富集，同时在适合的条件下，逐渐扩张延伸。
啤酒有害菌的适应：随着灌装过程中酒液的不断滴落，从而使菌囊中的细菌不断接触啤酒并逐渐适应啤酒环境，最终会完全适应，成为对啤酒危害最大的啤酒腐败菌。
二次污染：适应了啤酒环境的有害菌进入包装后的啤酒，从而对啤酒产生危害。