按照文件的用途分成系统文件、库文件和用户文件。系统文件组成系统软件，是操作系统正常运行所必需的文件。库文件是操作系统提供给用户调用的各种标准或非标准的子程序和应用程序包文件，一般允许用户对其进行动态或静态链接，实现读取和执行，但不允许修改，。用户文件是由用户创建的源程序、目标程序和数据或数据库等组成的文件，用户文件又可分为源文件、可执行的目标文件及数据文件等。
按文件的保护级别来分有只读文件、可读写文件和自由文件。只读文件只允许授权用户进行读操作而不允许进行写操作。可读写文件允许授权用户对其进行读或写操作。自由文件则允许所有用户对其操作，所以又称为不保护文件。
按文件性质来分有普通文件、特殊文件和目录文件。普通文件是指系统规定的普通格式的文件，大多数文件都是普通文件，它们记录系统的信息和数据。特殊文件是指以文件名称来表示系统的输入输出设备的一种文件，在UNIX系统中，通过对特殊文件的操作实现对输入输出设备的操作。在MS-DOS系统中，标准外设也有自己的特殊名称。目录文件是一种记录文件系统结构的文件，用于更好地管理普通文件和目录。
除上述分法外，还有许多其它分类方法。这些分类的目的都是为了更好地管理文件。