对于系统未能自动核销的款项，即自动核销后尚未建立对应关系的发票和收款单，系统可提供手工核销的功能。按下往来核销界面中的“手工核销”按钮，用户可进行手工核销的操作，在往来核销界面中，屏幕可分为上下两个部分，屏幕上半部分是销售发票文件，下半部分是收款单文件，光标停在发票文件上的某记录上时，收款单文件则显示出与发票文件的该记录发票号一致的一个或若干记录。用户需要执行手工核销时，可人为指定收款单与销售发票的对应关系。手工核销方式下，可能出现一张销售发票对应一条或几条收款记录的现象。由于客户可能就几笔销售业务一次付款，因此，手工核销方式下，还需要支持一张收款单的收款金额在多张销售发票之间进行分摊，几张销售发票对应一张收款单。