1、细胞膜损伤：当种子发生劣变时，膜的渗漏度加大，同时失去水合功能或出现永久性损伤。
2、大分子变化：核酸的降解和合成受阻，其影响面是极其广泛的。不仅使种子失去发芽能力，而且由衰老种子长成的幼苗会出现畸形、早衰、瘦弱，生产能力降低。
3、酶的变化：首先表现在酶蛋白的变性上，其结果使酶的活性丧失，其活性和种子的发芽率有极高的相关性。
4、有毒物质积累：种子贮藏过程中，随时间推移各种生理活动产生的有毒物质逐渐积累，使正常生理活动受到抑制，最终导致死亡。
5、其他代谢产物：如游离脂肪酸，乳酸，香豆素，肉桂酸，阿魏酸等多种酚、醛类和酸类化合物以及植物碱等，均对种子有毒害作用。
6、微生物分泌的毒素