引起蛋白质变性的因素很多，物理因素如：热、光等，化学因素如酸、碱、有机溶剂、三氯乙酸和去垢剂等，它们的作用机制分别如下：
⑴热变性主要是肽段受过分的热振荡而引起氢链破坏，热变性一般是不可逆的，在溶液中则出现凝固沉淀现象，冷却后就难以再溶液，凝固沉淀的形式可能为松散伸展肽链的交织。
⑵酸碱作用是破坏盐键，因极高的[H⁺]可使-COO–基变成-COOH基，而极低的[H⁺]又可使一NH₃⁺基变成-NH₂，这样就破坏了盐键，影响到分子的构象，从而导致变性。
⑶高浓度亲水的有机溶剂如乙醇、丙酮等的变性作用可能与降低蛋白质的介电常数有关。
⑷促溶剂的变性作用是与它的破坏蛋白质结构中非极性侧链之间的疏水相互作用有关，有四级结构的也可解离开来。
⑸去垢剂：能破坏蛋白质分子结构中非极性侧链间的疏水相互作用，在很低浓度就能使亚基解聚，并能使亚基变性。
⑹三氯乙酸：为酸性物质，能使蛋白质正电荷，与三氯乙酸的负离子结合，使蛋白质变性、沉淀。