①严格选择栽培地。选地要适当，如地势低洼，土质黏重，通透性不良，易发生块茎腐烂病。水分适宜的地块蜜环菌生长旺盛，杂菌受到控制，土壤水分过大，通气不良的条件下，杂菌生长的较多。杂菌污染的穴不能再栽天麻，减少重茬引起杂菌为害。
②严格挑选种麻及推广有性繁殖技术。推广有性繁殖技术提高种麻抗逆能力，在选种麻时，即使有很小一点腐烂的也不能用作种麻，切忌将带病种麻栽入窝中。
③应用纯菌种和选用新菌材。培养菌枝，菌床，菌材时所选用的菌种一定要纯，如果培养出的3级固体菌种或菌枝本身就带杂菌，用这些菌种培养菌材，菌床也会感挺杂菌.在培养菌材，菌床，菌枝时，加大接种量，蜜环菌生长快，会抑制杂菌生长，由于杂菌多营腐生生活，而蜜环菌在活树新棒上也可寄生，故培育菌材，菌床时应随砍随育，尽量不用干材培菌.栽培年限不宜过长，最好一年一收。
④培菌窝不宜太大.一穴中培养的菌材数量不宜过多，一般要控制在50~80根之间.利用菌床栽培，一穴菌材只有15~25根，如果感染杂菌可弃之不用，损失不大又可防止杂菌蔓延，所以菌床栽培是防止杂菌污染最好的一种栽培方法，注意菌坑不宜过大过深，特别是地下水位高的地方或降雨量大的地区，不利于蜜环菌生长。
⑤对培养土及填充物的处理。选干净，无杂菌的腐殖上，树叶，锯末等疏松填充物，使用前最好要进行堆积，消毒，晾晒，栽培时要填满空隙不宜压实，不要漏填，使天麻播后营养充足，生长良好。
⑥加强田间管理。控制适宜的温度和湿度，避免窖内长期积水或干旱，对于防止腐烂病的发生极为有效。