水轮机的损失由容积损失、水力损失和机械损失。
容积损失是在反击型水轮机中，进入转轮的流量，其中有一小部分漏水量未被有效利用而损失掉了，这部分损失称为容积损失。
水力损失是在水轮机工作时，水流要流经引水部件、导水部件、转轮和尾水管等过流部件，水流便产生摩擦、撞击、旋涡和脱流等损失。这些情况所引起的损失，称为水力损失。
机械损失是由于水力传递给转轮的有效功率，并不能全部传递给发发电，其中又有一小部分消耗在轴和轴承间，转轮上冠上表面或因水管路钢板上表面与水流之间的摩擦上。这些转动部件与固定部件或水流之间引起的摩擦损失，称为机械摩擦损失或机械损失。