健全和完善农民工医疗保障制度的对策主要有：
（1）建立适合农民工的医疗保险体系：目前我国的医疗保险制度仍然是按照城镇人口与农村人口分割的模式设计，难以覆盖农民工这种处于交叉地带的特殊群体。现阶段我们应该充分考虑农民工所从事的行业特点和就业方式，分阶段制定出符合农民工利益的特殊的社会保险政策，协调配合，形成合力，加强各有关部门之间的协调配合和相应政策规定的跟进。“流动医保账户”方案是一种较为合适的过渡性政策。
（2）提高医保基金统筹的范围和层次：农民工群体的身份较为模糊，但随时可能转换身份，政府应保证他们及时享受到不同的医保政策。由于其具有很强的流动性特征，在农民工超出统筹区域流动时，现有的统筹层次和管理手段显然不能适应这种大范围的流动，鉴于农民工人口数量多、身份不确定性强和跨区域流动性大等特点，建议由劳动和社会保障部门牵头，组建农民工医疗保障信息库，达到信息共享。
（3）扩宽医保资金筹资渠道：农民工医疗保障资金的筹集应当集中考虑用人单位发展、农民工权益和政府责任三方因素，均衡三者利益，构建用人单位、农民工和政府三方共担的筹资格局，实现农民工医疗保障资金筹集渠道多元化。农民工为企业的发展做出了的贡献，企业无论是从道德上还是从法律上都应该为农民工的医疗保障承担一部分责任。