政府在社会医疗保险系统中的作用主要体现在以下几个方面：
（1）筹资和分配：政府在筹集医疗保险费用上起到了很大作用。对于机关和事业单位，政府通过对税收的二次分配由财政部门将医疗经费随工资基金拨款至单位，再由单位缴费投保。对于企业，政府通过税收减免对其进行补贴。对于个人，政府通过建立个人帐户对其进行明补。此外政府还通过对部分医疗服务实行低价对职工提供暗补。
（2）规范各方的行为：政府通过政策、法律、行政、经济手段来协调和保障保险人、被保险人和医疗服务提供方三方的利益。