答：肾囊肿手术后腰两侧疼痛，可能是由术后正常恢复过程、术后感染、腰部肌肉损伤等原因引起的，可通过一般治疗、药物治疗、物理治疗等方法改善。

1. 术后正常恢复过程：肾囊肿手术可能会对周围组织造成一定损伤，在恢复过程中可能出现腰两侧疼痛。这种情况通常不需要特殊处理，建议患者适当休息，避免剧烈活动，随着时间推移，疼痛会逐渐减轻。

2. 术后感染：术后感染是导致腰两侧疼痛的常见原因之一。患者应遵医嘱使用抗生素，如青霉素、头孢曲松钠等，以控制感染。如果疼痛严重，可服用布洛芬、双氯芬酸钠等止痛药物。

3. 腰部肌肉损伤：手术过程中，由于体位原因，腰部肌肉可能受到过度牵拉而导致损伤，可引起腰两侧疼痛。患者可通过热敷、红外线照射等物理治疗方法，促进血液循环，缓解疼痛症状。

肾囊肿手术后腰两侧疼痛还可能是其他原因导致的，如果持续不缓解，建议及时就医，明确原因，遵医嘱进行治疗。

*重要提示：科普内容不能作为疾病治疗依据，如有不适请前往正规医院就诊。