答：男性阴茎短小的原因包括遗传因素、发育与营养状况、肥胖、内分泌紊乱、性激素水平不足等。

1. 遗传因素：阴茎的大小与遗传因素有关，如果家族中男性普遍存在阴茎短小情况，则本人也可能出现。

2. 发育与营养状况：如果男性在青春期发育前营养不良或患有影响阴茎发育的疾病，可影响阴茎的正常生长发育，导致阴茎短小。

3. 肥胖：过度肥胖可能会导致耻骨联合前脂肪堆积，从而使阴茎外观显得较小。

4. 内分泌紊乱：多种内分泌疾病，如甲状腺功能减退症、垂体瘤等，可能会影响性激素的正常分泌，从而影响阴茎发育，导致阴茎短小。

5. 性激素水平不足：男性体内雄激素水平不足，可能会影响阴茎的正常发育，导致阴茎短小。

需要注意的是，每个人的阴茎大小都有一定差异，而且在不同的状态下，如寒冷、紧张、疲劳等，阴茎的大小也会有所变化。如果担心自己的阴茎大小异常，建议及时就医咨询医生。

*重要提示：科普内容不能作为疾病治疗依据，如有不适请前往正规医院就诊。