我国史前栽培稻遗存的绝大部分都是在50年代以后发现的，主要分布地区是在长江流域。1954年冬，江苏省文物管理委员会在无扬仙蠢墩发掘时，于下文化层见到了成堆的稻壳。那个地层，按照现在的分期标准应归入崧泽期，是长江下游新石器时代晚期的一个文化。接着在1955年，湖北省石龙过江水库指挥部文物工作队在京山屈家岭和天门石家河两处新石器时代晚期的地层中，又发现了更多的稻谷、稻壳和稻茎痕迹。此后在我国南方的新石器时代遗址中不断发现栽培稻的遗物，有些是窖藏的已被炭化的稻谷和稻米，有些是废弃的稻壳堆积，有些是用稻壳和稻草作为建筑用泥土的掺和料，因火烧而得以痕迹的形式保存下来，有些更是用稻壳做陶器的掺和料，还有一些是用稻谷或稻米随葬，有些遗址中稻壳的数量可以吨计，它们分别属于不同时期和不同的考古学文化，并且往往与稻作农具同时出土。这释丰富的资料，为探索我国早期栽培稻的品系、分布和起源问题，稻作农具和耕作制度的发展等提供了相当充足的证据。在长江中下游地区众多的新石器时代遗址中，已经发现栽培稻遗存的至少有9处，分别属于江苏、浙江、安徽三省和上海市：
1.江苏无扬仙蠢墩：如前所述，1954年在下文化层发现了成堆的稻谷壳。
2.南京庙山：遗址在长江北岸，南京博物院于1958年曾对该处进行清理，发现一件饰红色陶衣的器盖，上面有显著的稻壳痕迹遗存面貌与南京北阳营第四层墓地基本相同。
3.吴县草鞋山：1972-73年进行了两次发掘，该处文化堆积厚达11米，在最底下的第10层即相当于马家洪下层的H2和H7中出土了结成团块的炭化稻谷。
4.上海青浦裕泽：在探方S2的下层出土稻谷颗粒和稻叶残片；在A2的灰坑中发现稻谷及米。稻谷颖壳脉纹清晰，有的颖尖也很清楚。米粒完整，但胚部已脱落。
5.余姚河姆渡：这里发现的稻谷遗存极为丰富，单是1973年冬至1974年春第一次发掘时，就在第4文化层发现约400平方米的稻谷、稻壳和稻草堆积，其厚度从10-20厘米到30-49厘米不等，最厚处达70-80厘米。
6.安徽潜山薛家谕：1979-80年曾在此进行了三次发掘，在一处残房基的红烧土堆积巾掺杂了许多稻壳，应是作为建筑物涂料的稻糠泥经火烧烤而形成的。
7.江陵毛家山：1975年发掘，在新石器时代的地层和灰坑中发现有许多红烧土块，上面有木头和竹蔑痕迹，当系墙壁涂泥所烧成的，其中常掺有稻谷壳和稻草。
8.石峡位于北江支流马坝河的南岸，1973至1976年发掘期间，曾经在中层和下层发现了许多稻谷和炭化稻米。
以上是直到目前为止我国史前栽培稻遗存发现的基本情况，只要稍加分析，不难看出某些基本的趋向：
第一，按照年代排比，河姆渡第4层的稻谷是最早的，而恰恰又是最丰富的。那里谷壳等遗存多得惊人，并有一套专用的稻作农具，这些情况说明当时的稻作农业已远非处在萌芽状态，说明我国栽培稻米的历史还应该比公元前500。
第二，发现稻谷的遗址绝大部分是在古代的湖泊沿岸和沼泽地带，现在己有许多文化层降于潜水面以下，有些遗址的抱粉分析表明附近有许多水生植物，据此可以推测当时种植的主要是水稻而非陆稻（山地稻）二水稻和陆稻究竟哪一种是首先被栽培的。
第三，釉稻和粳稻是亚洲水稻的两个最基本的亚种，二者究竟各有来源还是同一种系的分化，同样存在着不同的看法。丁颖先生曾经根据二者的生态习性及其同野生稻联系的亲疏关系，认为釉稻是基本型，粳稻是在栽培稻演化过程中，由于扩展到较温凉的地区而发主变异的气候生态型。从我国栽培稻品种的发展来看，二者都可追溯到公元前5000年左右的最早时期，不过河姆渡第4文化层出土的基本上属于釉稻，并且一直到马家洪期结束的一千多年中，釉稻的种植仍然是主要的。此后粳稻似有增加，湖北几处屈家岭文化遗址中的稻谷均属于粳，云南元谋大墩子海拔1080米，所出稻各也属于粳，至于其它遗址，大多是釉粳兼而有之。石峡稻谷除明确可以定为粕粳两型者以外，还有不少稻粒的测量数据介于二者之间，因为二者是可以混交的。看来釉梗的出现，除了气候生态条件变化的影响以外，也不排除有其它野生稻亲本的作用，至于现今许多地区粕粳兼种而能保持各自的特性，则应是长期人工选择的结果。
第四，如果把稻谷遗存所属的时间和分布地域联系起来，就不难看出我国栽培稻发展的一个大概轮廓；它们很象是从一个中心出发，象波浪一样地逐级向周围扩展开来。由于河姆渡第4层的年代最早，稻谷又最丰富，它所在的杭州湾及其附近自然是最有条件被当作起源中自看待的。接着的第一个波浪到达长江三角洲的近海一侧，即马家洪文化期所代表的范围BC4300-3700年。第二个波浪沿长江向西发展，直达两湖盆地，就是阴阳营期和大溪文化分布的范围，年代约在公元前3800-2900年左右。第三个波浪是在公元前2900-210。年左右发生的，长江下游和杭州湾地区的良诸文化，两湖盆地的屈家岭文化，北江流域的石峡文化以及分布于黄淮平原、江汉平原和长江以南许多地仓的属于龙山时代诸文化的范围之内，都已有了水稻的种植。如果说第二个波浪所形成的还只限于比较狭小的江湖沼泽地带，那么第三个波浪就在较多的地方扩展到江河支流的谷地，分布范围一下子增加了好几倍。史前的情况大致如此。第四个波浪发生在历史上的夏商周时代，水稻种植进一步向长江上游和黄河中下游以北扩展，从而初步地形成了很接近于现今水稻分布的格局。