逆转录病毒载体：逆转录病毒是一种RNA病毒，基因组大小在8～11kb之间；逆转录病毒基因组RNA在逆转录酶的作用下逆转录出双链DNA，双链DNA能够随机整合到寄主细胞的染色体上，随着寄主细胞的复制而复制。
优点：宿主细胞广泛；能高效感染分裂细胞，感染率高达100％；外源基因完全整合到宿主细胞染色体上。
缺点：不能感染非分裂细胞；可能产生具有复制能力的病毒；由于随机整合，可能会引起“插入突变”；包装外援DNA能力有限，小于8kb；要求靶细胞表面要具有逆转录病毒的相应受体。
慢病毒载体：慢病毒属于逆转录病毒的一个属，同一般的逆转录病毒相比，慢病毒能够有效感染并整合到分分裂细胞和最终分化的细胞。
腺病毒载体：腺病毒为线性双链DNA病毒，基因组为30~36kb；病毒DNA并不整合到宿主细胞染色体上，而是以染色体外成分存在；目前应用较为广泛的是Ad5。
优点：人类是腺病毒的天然宿主，所以比较安全；该病毒体外稳定，易于制备与纯化；宿主范围广，既可以感染分裂细胞又可以感染非分裂细胞；腺病毒载体容量大；腺病毒无需整合到宿主细胞基因组中，整合突变致癌可能性小；
缺点：它几乎可以感染所有细胞，因此缺乏特异性；因不能整合到宿主染色体上，所以不能持续表达所需产物，表达时间短暂，需重复给予制剂治疗；因可能刺激免疫反应，使反复治疗的效果会逐渐降低。
腺相关病毒载体：为单链DNA病毒，基因组在4.7～6之间，他的复制依赖于辅助病毒，如腺病毒或疱疹病毒；腺相关病毒位点特异性整合，能高效整合到人类19号染色体的特定区域。
优点：目前尚未发现该病毒在人体中致病，比较安全；感染宿主细胞广泛，包括非分裂细胞和分裂细胞，特别是能够感染神经元和神经胶质细胞；能特异整合于人的第19号染色体长臂末端，减少了突变的可能性；外源基因表达稳定；
缺点：难以大量生产，复制需要辅助病毒，并且包装外源基因的能力有限。