1、内含子的起源主要有“后起源”和“先起源”两种观点。
2、“后起源”观点认为，内含子都是作为间隔序列，插入到连续编码的基因序列中形成的，内含子在较高级的功能基因出现之后，或在真核生物出现之后才产生。
3、“先起源”观点则认为，早期的内含子具有自我催化、自我复制等能力，因此它们是原始基因和基因组的组织与复制必不可少的。内含子在原始基因组中就已存在，现代的内含子则是一类进化的遗迹。