青贮饲料的微生物发酵过程可分为好氧期、微生物发酵竞争期、稳定期和青贮启窖期4阶段。其微生物活动特点如下：
（1）好氧期：在青贮初期，青贮原料表面附着的各种微生物在青贮窖内生长繁殖。腐败细菌、霉菌在此时活动最强烈，它们能破坏青贮原料中的蛋白质，形成大量吲哚、气体以及少量乙酸等；同时，由于植物呼吸和微生物作用会产生大量的二氧化碳、氢气，以及一些醇类和有机酸，饲料变为酸性，有利于乳酸菌的生长繁殖，不利于腐败菌和丁酸等的生长。
（2）微生物发酵竞争期：在厌氧条件下，开始时，乳酸球菌和明串球菌占优势。随着有机酸的积累，片球菌和乳酸杆菌占主导地位。当PH降至约4.2以下，大部分微生物停止活动，只有乳酸杆菌大量繁殖，保证青贮饲料进入稳定期。
（3）此期除少量乳酸杆菌外，还存在有少量耐酸的酵母菌和形成芽孢的细菌。
（4）由于空气进入，青贮饲料在青霉、曲霉、毛霉以及一些酵母菌作用下发酵，引起饲料腐烂。