（1）染色质内储存的DNA使大部分启动子具有不可接触性。因此，在其他调节作用不在的时候基因总是沉默的。染色质结构造成许多启动子难以接触，因而阻遏子与DNA结合以阻止RNA聚合酶对启动子的接近（起负调节作用）就显得多余了。
（2）真核基因组太大，调节蛋白对特殊DNA顺序的结合特异性降低.特异顺序在大的基因组中随机存在于不同位点的几率增加。改进特异性的方法之一是使用多个调节蛋白。由几个不同蛋白的结合顺序框定正确的转录起点使其随机性可以忽略不记。如果使用几种负调节蛋白则不能改善其特异性，因为一个阻遏蛋白的结合就足以阻遏RNA聚合酶的转录。但是如果是几个正调节蛋白，它们必定各自有自己的DNA结合顺序，如果这些蛋白形成复合物，转录起始的特异性就可被改善。在一个大的基因组中正调节更简单，更有效率。如果在人体的100000个基因使用负调节机制，那么，每个细胞必须合成足够浓度的100000个不同阻遏蛋白以进行特异性结合。这对细胞是非常不经济的。在正调节中，大多数基因通常处于无活性状态（即RNA聚合酶不结合启动子）。细胞只要选择性地合成一组激活蛋白就可以激活一套细胞所需的基因的转录。