转基因食品是指利用转基因生物生产或制造的食品、食品原料和食品添加剂等
问题：
1、标记基因的传递：转基因作物的抗生素抗性标记基因可能通过转基因食品传递给人（畜）肠道的微生物，并在其中表达，获得抗药性，这就可能影响抗生素的药效，对人体疾病的治疗和健康造成危害；转基因食品中的标记基因能否传递给人的肠道正常微生物群，影响倡导生态环境，通过菌群影响肠道正常消化功能。
2、导致食物过敏症：在转基因操作中，某种微生物的蛋白质也会随基因加入，因而有可能导致过敏现象的扩展，特别是对儿童和具有过敏体质的成人。
3、干扰体内代谢：新的基因常务可能对机体物代谢产生干扰作用。由于外源基因的来源、导入位点的不同，以及导入的随机性，极有可能产生基因缺失、错码等突变，使所有表达的蛋白质产物的性状、数量及部位与期望值不同。

包括：
1）植物天然毒素
2）植物上附着的微生物产生的毒素
常见：生物碱类毒素、甙类物质、蛋白质或复合蛋白、其他有毒物质