管理控制子系统是为企业各中层管理部门和管理人员提供控制生产经营活动.制定资源分配方案.评价企业效益等战术级管理所需的信息。该子系统一般包括：财务管理.销售管理.人事劳资管理等子系统。该子系统在整个MIS中起着乘上启下的作用。其主要任务是：汇集下层传来的信息并结合环境信息，监督.控制低层的运行；处理中层信息上传给高层，理解并执行高层下达的指令，必要时把高层指令分解并下达给低层执行；提供查询功能。管理层次信息化，包括根据企业量身定做MIS，通用程度提高的企业全面管理软件。