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某企业2013年企业所得税年度纳税申报的应纳税所得额为-120万元（假定以前年度均盈利并缴纳企业所得税）。2014年7月税务机关对该企业的2013年度纳税情况进行税务稽查发现如下问题：
（1）2013年度6月企业以上年工资总额的10%标准为全体职工支付补充养老保险，合计30万元，计入“管理费用”，12月进行账务调整，将超过2013年职工工资总额的5%部分12万元调整计入“应付职工薪酬-应付职工福利费”。因当年实际发生的职工福利费用未超过规定标准，2013年企业所得税年度纳税申报时，未作纳税调整。
（2）2011年已作为“坏账损失”税前扣除的应收账款30万元，于2013年8月重新收回，企业将收到款项计入“其他应付款”，2013年企业所得税年度纳税申报时未缴纳企业所得税。
（3）2013年7月，拒收供货方提供的预定货物，向供货方支付违约金4万元，企业计入“营业外支出”，2013年企业所得税年度纳税申报时未作纳税调整增加。
针对上述问题，税务稽查部门，作出如下决定，并于2014年8月制作《税务处理决定书》、《税务行政处罚告知书》通知该企业：调增该企业2013年度企业所得税所得额46万元，分别为：超过当年职工工资标准的5%补充养老保险部分计12万元不允许在企业所得税税前扣除、以前年度已作资产损失当年收回的30万元应计入所得额、支付供货方违约金4万元不允许税前扣除。同时作出补税、罚款和加收滞纳金的决定：对调增的所得额按适用税率应补缴企业所得税11.5万元，自2014年1月1日起按日加收万分之五的滞纳金和按应补税额处以0.5倍的罚款。企业未提出听证的要求，税务局下达《税务行政处罚决定书》。
问题：税务机关对该企业2013年企业所得税作出的补税（或追缴）、罚款和加收滞纳金的处理有哪些方面不当？并说明理由。

2014年A企业在年度决算报表编制前，委托税务师事务所进行所得税汇算清缴的审核。税务师发现情况如下：（1）当年4月收到从其投资的境内居民企业B公司分回的投资收益5万元，A企业认为该项属于免税项目。（2）当年1月4日，购买了上市公司C企业的流通股股票，6月10日，收到C企业发放的现金股利2万元，A企业认为该项属于免税项目。
（3）将对D企业的一项长期股权投资对外出售，取得了处置收益30万元，并计入了“投资收益”科目，A企业认为该项也属于免税项目。
问题：请判断A企业上述做法是否正确，并说明理由。