单一业主制企业的缺点
虽然单一业主制有如上的优点，但它也有比较明显的缺点。一是难以筹集大量资金。因为一个人的资金终归有限，以个人名义借贷款难度也较大。因此，单一业主制限制了企业的扩展和大规模经营。二是投资者风险巨大。企业业主对企业负无限责任，在硬化了企业预算约束的同时，也带来了业主承担风险过大的问题，从而限制了业主向风险较大的部门或领域进行投资的活动。这对新兴产业的形成和发展极为不利。三是企业连续性差。企业所有权和经营权高度统一的产权结构，虽然使企业拥有充分的自主权，但这也意味着企业是自然人的企业，业主的病、死，他个人及家属知识和能力的缺乏，都可能导致企业破产。四是企业内部的基本关系是雇佣劳动关系，劳资双方利益目标的差异，构成企业内部组织效率的潜在危险。
合伙制企业的缺点
然而，合伙制企业也存在与单一业主制企业类似的缺陷。一是合伙制对资本集中的有限性。合伙人数比股份公司的股东人数少得多，且不能向社会集资，故资金有限。二是风险性大。强调合伙人的无限连带责任，使得任何一个合伙人在经营中犯下的错误都由所有合伙人以其全部资产承担责任，合伙人越多，企业规模越大，每个合伙人承担的风险也越大，合伙人也就不愿意进行风险投资，进而妨碍企业规模的进一步扩大。三是合伙经营方式仍然没有简化自然人之间的关系。由于经营者数量的增加，在显示出一定优势的同时，也使企业的经营管理变得较为复杂。合伙人相互间较容易出现分歧和矛盾，使得企业内部管理效率下降，不利于企业的有效经营。
单一业主制企业的优点
单一业主制企业是企业制度序列中最初始和最古典的形态，也是民营企业主要的企业组织形式。其主要优点为：一是企业资产所有权、控制权、经营权、收益权高度统一。这有利于保守与企业经营和发展有关的秘密，有利于业主个人创业精神的发扬。二是企业业主自负盈亏和对企业的债务负无限责任成为了强硬的预算约束。企业经营好坏同业主个人的经济利益乃至身家性命紧密相连，因而，业主会尽心竭力地把企业经营好。三是企业的外部法律法规等对企业的经营管理、决策、进入与退出、设立与破产的制约较小。
合伙制企业的优点
合伙制作为一种联合经营方式，在经营上具有的主要优点有：一是出资者人数的增加，从一定程度上突破了企业资金受单个人所拥有的量的限制，并使得企业从外部获得贷款的信用能力增强、扩大了企业的资金来源。这样不论是企业的内部资金或外部资金的数量均大大超过单一业主制企业，有利于扩大经营规模。二是由于风险分散在众多的所有者身上，使合伙制企业的抗风险能力较之单一业主制企业大大提高。企业可以向风险较大的事业领域拓展，拓宽了企业的发展空间。三是经营者即出资者人数的增加，突破了单个人在知识、阅历、经验等方面的限制。众多的经营者在共同利益驱动下，集思广益，各显其长，从不同的方面进行企业的经营管理，必然会有助于企业经营管理水平的提高。