物流成本核算层的主要工作包括：
（1）明确物流成本的构成内容。物流成本的各项目之间存在此消彼长的关系，某一项目成本的下降将会带来其他项目成本的上升。所以明确物流成本的构成，将全部物流成本从原有的会计资料中分离出来是十分必要的。在此基础上，才能进行有效的物流成本核算、物流成本管理及物流成本的比较分析。
（2）对物流总成本按一定标准进行分配与归集核算。物流总成本可以按照不同的标准进行归集。较常用的方式有：根据不同的产品、不同的顾客和不同的地区等成本核算对象来进行归集；也可以根据装卸费用、包装费用、运输费用和信息费用等物流职能来进行归集；也可以按照材料费、人工费等费用支付形式来进行归集。这些归集方法与目前的财务会计核算口径是一致的。目前流行的作业成本法就是一种进行物流成本归集核算的有效方法。
（3）明确物流成本核算的目的。在进行企业物流成本核算时，要明确物流成本核算的目的，使得整个核算过程不仅仅停留在会计核算层面上，而能够充分运用这些成本信息，对企业的用途和意义更大。