①按相应部位选穴，当机体患病时，在耳郭的相应部位上有一定得敏感点，它便是本病的首选穴位，如胃痛取“胃”穴等
②按脏腑辨证选穴，根据脏腑学说的理论，按各脏腑的生理功能和病理反应进行辨证取穴。如脱发取“肾”穴等
③按经络辨证选穴，即根据十二经脉循行和其病候选取穴位。如坐骨神经痛，取“膀胱”或“胰胆”穴
④按西医学理论选穴，耳穴中一些穴名是根据西医学理论命名的，如“交感”“：肾上腺”等。这些穴位的功能基本上与西医学理论一致，故在选穴时应考虑其功能，如炎性疾病取“肾上腺”穴
⑤临床实践发现有些耳穴治疗本部位以外疾病的作用，如“外生殖器”穴可以治疗腰腿痛。

十二经脉和奇经八脉的阴跷，阳跷，阴维，阳维脉之经气深聚的部位，称为郗穴。共有16个，阴郗治疗血症，阳郗治疼痛。