施用的主要方法是拌种。具体步骤是：播种豆科作物前将菌种加适量新鲜米汤或清水拌成糊状，再与种子拌匀，置于阴凉处，稍干后拌少量泥浆裹种，最后每亩用过磷酸钙2.5公斤拌匀，立即播种。

所有的瓜类作物均不宜施用牛粪肥以及含有牛粪肥的发酵肥料，蘑菇下脚料也不宜施用。

叶菜类（如白菜、甘蓝、菠菜等）、纤维作物（如麻类等）均适宜施用人粪尿；而瓜果、甜菜、烟草、薯类等忌氯作物不宜施用人粪尿。